В начале XIV века Новгород, которому подчинялись и ладожане, продолжал воевать со шведами. Русские дружины неоднократно побеждали противника в открытых боях и разрушили крепость Ландскрон. Тогда шведы поменяли тактику и стали нападать на наши города, когда в них отсутствовали воинские гарнизоны. 1313г. Новгород воевал с Суздальским княжеством, ладожский гарнизон, принимавший участие в боевых действиях, покинул Ладогу, и шведы напали на лишенный защиты город, причинив ему значительный ущерб. Посад разграбили, часть ладожан была взята в плен. 1323г. Возведение крепости Орешек на острове в истоке Невы, там, где река вытекает из Ладожского озера. Это было стратегически важное решение: обезопасить для русских торговцев выход в Балтийское море по Неве. В том же году в крепости Орешек был заключен договор со шведами о границе, которая прошла по реке Сестре. Шведам достался Карельский перешеек. Но попыток захватить Приладожье шведы не оставили. 1348-1349гг. Крестовый поход короля Швеции Магнуса на Русь. Деньги для шведского войска предоставил Папа Римский. Орешек не выдержал осады, его малочисленный гарнизон был уничтожен. Крестоносцы принялись грабить мирных жителей. На борьбу с врагом поднялось ополчение со всей новгородской земли. Ладога стала центральным пунктом сосредоточения провианта и оружия, местом сбора ополченцев. Действия русского войска отличались решительностью, Орешек был освобожден, шведы потерпели сокрушительное поражение, стоившее Магнусу королевской власти. Южное Приладожье и берега Невы с выходом в Балтийское море снова оказалось в руках новгородцев и ладожан. Конец XIV-начало XV вв. Период расцвета торговли Новгорода с Прибалтикой и немецкими городами, крайне выгодной новгородским купцам и боярам. Ладожская крепость и крепость Орешек не раз в это время укреплялись, о чем, например, свидетельствует Новгородская летопись в год 1446, в период церковного правления архиепископа Ефимия. XVI в. Царствование московского царя Ивана Грозного. Шведы не раз беспокоили Ладогу и ее окрестности. 1582-1583гг. Столкновение со шведами привели к тому, что не было закончено составление описных книг Новгородского, Ореховского и Ладожского уездов («Писцы не дописали из-за войны немецких людей 13 погостов, как стояли под Орешком и под Ладогою немецкие люди»).
1568г. Съезд русских и шведов на реке Плюссе. Русские послы жаловались шведской стороне на разбойничьи набеги в Заонежье, на Ладогу и в районе Двины. Начало XVII в. Польско-шведская интервенция (смутное время) принесла Ладоге много бед. После смерти бездетного сына Ивана Грозного царя Федора на русский престол вступил его шурин Борис Годунов. Младший сын Ивана Грозного, живший при матери в Угличе царевич Дмитрий, погиб в семилетнем возрасте. В точности неизвестно, был ли он убит или упал на нож в припадке падучей болезни, но народная молва приписывала вину за смерть малолетнего наследника престола царю Борису. Слухи о том, что царевич жив, а вместо него убили другого ребенка, породили Лжедмитриев, самозванцев на русский престол, первым из которых стал беглый монах Григорий Отрепьев. С помощью поляков он собрал войско и пошел на Москву. Великая смута началась после того, как в 1605 г. внезапно умер Борис Годунов, а его сын Федор вскоре был убит. Русские войска переходили на сторону Лжедмитрия, самозванец занял Москву и правил там одиннадцать месяцев. Затем Григорий Отрепьев был зверски убит народом, который подталкивали к таким действиям бесчинства поляков, пришедших вместе с узурпатором, и подстрекательство бояр. 1606г. На царство был выбран Василий Шуйский. Смута не прекращалась. Появился второй самозванец, усиленно поддерживаемый поляками. Использовав бушевавшую в то время вражду шведов с поляками, Шуйский обратился к Швеции за помощью против Тушинского вора Лжедмитрия второго и Польши. 1609. Конец февраля. Стольник Головин и дьяк Сыдавный Зиновьев заключили с поверенными шведского короля Карла IX договор. Король обязывался прислать на помощь Шуйскому 2 тысячи конницы и 3 тысячи пехоты. За это, кроме платы наемникам и всяческих льгот, к Швеции отходил город Карела (нынешний Кексгольм). Кроме пяти тысяч наемников, шведы прислали на Русь еще около десяти тысяч разноплеменного сброда под началом Якова Делагарди. Именно с ним связаны печальные страницы истории Ладоги. Действия против тушинцев вел племянник царя молодой воевода Скопин-Шуйский. Союзникам удалось освободить Орешек и Москву от тушинцев. Скопин и Делагарди осилили поляков и торжественно вошли в Москву. Но через месяц Скопин-Шуйский умирает, его место занимает дядя князя и брат царя Дмитрий Шуйский, не любимый народом, подозреваемый в отравлении племянника. Гетман Жолкевский во главе польского войска разбил объединенные войска Дмитрия Шуйского и Делагарди. Последний дал слово Жолкевскому разорвать союз с царем Василием и отступил к Новгороду.
17 июня 1610 г. Василий Шуйский низвержен. Поляки во главе с Сигизмундом все больше одерживают верх. Сильная и многочисленная русская партия соглашается провозгласить царем сына Сигизмунда, Владислава. С этого времени шведы превращаются из союзников Московского государства в его врагов. Француз Делавиль со своим отрядом занимает Ладогу, а Якоб Делагарди завоевывает Карелу и направляется к Новгороду. Делавиль удерживает Ладогу семь месяцев, уверяя ладожан, что представляет интересы русского царя, против которого восстали свои же подданные, и будет защищать Ладогу от неприятеля как верный слуга Российского государства. 1611 г. Новгород решает выжить непрошеного защитника и посылает в Ладогу отряд под командованием Ивана Салтыкова, сына бывшего воеводы Орешка Михаила Салтыкова, сторонника поляков. Иван Салтыков разделил свое войско на два отряда. Один из них занял местечко Гостинополье, выше Ладоги, другой – территорию современной Новой Ладоги в устье Волхова, с двух сторон окружив шведов. Русские в течение осады не раз делали попытки изгнать Делавиля, но потерпели неудачу. Вторая попытка освобождения крепости была предпринята отрядом русских в 500 человек, состоявшем из пехоты и конницы под командованием Ивана Можайского. Делавиль атаковал отряд, расположившийся на расстоянии пушечного выстрела от крепости, и разбил русских. Январь 1611 г. 2 тысячи русских под командованием князя Григория Константиновича Волконского расположились в 12 верстах от ладожской крепости в устье Волхова. В битве с воинами Делавиля, напавшими на лагерь, русские одержали победу. Волконский пришел под Ладогу, куда из Новгорода прибыл и Салтыков. Делавилю предложили уйти из крепости в обмен на пленников, среди которых был его брат. Делавиль же уходить не хотел и предлагал за пленников выкуп. Положение французов становилось безвыходным: кончились припасы, наступили тяжкие лишения. Февраль 1611 г. Делавиль согласился сдаться Салтыкову на почетных условиях. Французы вышли из крепости со знаменем и оружием, при звуках труб, забрав своих пленных. Лето 1611 г. Ладога снова в руках неприятеля. Делагарди силой овладел Новгородом после того, как Салтыков умер под пытками, обвиненный новгородцами в измене и желании отдать их во власть польскому королю. 15 июля 1611 г. Делагарди заключает с новгородцами договор об избрании на русский престол шведского королевича Филиппа. После этого, имея аналогичное намерение в отношении ладожан, Делагарди отправился в Ладогу и потребовал, чтобы его впустили в ладожскую крепость вместе с войском русского царя, избранного, по его словам, в Москве. В это время Ладога была занята русским гарнизоном в 200 человек, которые в 1611 г. били челом, что «сидят де они в Ладоге от немецких людей в осаде и на караулах живут безпрестанно, днем и ночью, и нужда де им в корме в Ладоге, великая». Узнав, что новгородцы сдались Делагарди, ладожане впустили к себе на тех же условиях шведское войско под командованием Ганса Райхенберга. Хозяйничанье шведов в Ладоге продолжалось шесть лет. Сначала в крепости стоял шведский гарнизон под началом Райхенберга, затем Эверта Горна и, наконец, самого Делагарди. 1613г. Формируется народное ополчение под командованием князя Дмитрия Пожарского. Ополчение изгнало поляков из Москвы, Россия избрала на царство Михаила Федоровича Романова. Все города присягнули новому царю, только новгородцы оказались в сложном положении. Порвать со шведами они не могли, так как находились в зависимости от Делагарди. В том же 1613 г. умер шведский король Карл. Его преемник Густав-Адольф прислал в Выборг для переговоров своего брата Карла-Филиппа. Эверт Горн потребовал от новгородцев и ладожан прямого ответа, желают ли они признать своим государем шведского короля? Пока шли переговоры, против шведов все больше поднималось недовольство населения в разоряемых ими посадах и городах. Декабрь 1614 г. Князю Волконскому, который еще раньше стал стягивать войска к Новгороду, Тихвину и Ладоге, пришло сообщение из Ладоги в Белозерск: «Стоят, на Волхове, в 10 верстах от Ладоги, 500 немецких людей, да пришло из Иван-Города, от Ямы и Копорья 1500 немецких людей и стали на Масельгском погосте да на Лунгаче (финские поселки недалеко от Ладоги), стоит прежних немецких людей 500 человек, а с Рождества однолично идти всем немецким людям в Тихвин посад». Февраль 1615 г. Ладога стала сборным пунктом шведских войск, о чем также было сообщено в Белозеро: «Велел-де Ивенгор немецкому воеводе Самойлу Кобрину собирати всех немцев в Ладогу, которые хотели, ходили в Обонежскую пятину и на Масельгу, а собрався с теми немцы велел идти им в Тихвин же, и ныне-де немецкие люди сошлись в Ладогу». В то время в Ладоге командовал преимущественно Делагарди. Новгородцы обратились за помощью к московскому царю. Военные действия против шведов открылись после милостивой грамоты царя новгородцам. Московские отряды стояли на реках Мсте и Ловати. Волконский двинулся под Тихвин, Ладогу и Орешек, со всеми атаманами и казаками. Он назначил сборный пункт у церкви Рождества Христова на реке Паше. В Смутное время получило большое развитие ведения партизанской войны со стороны русских. Из шведских донесений можно узнать о том, что крестьяне уничтожали отряды шведских фуражиров, прятали хлеб, уходили в леса и заняли все лесные дороги. Из письма шведского воеводы, которое попала в руки партизан, известно, что под Ладогой действовал крупный отряд «воров шишей». Другой документ свидетельствует, что партизаны потопили в Волхове четыре баржи с хлебом и боеприпасами, направлявшимися из Новгорода в Ладогу. Обложенные со всех сторон шведы были вынуждены искать почетного мира. 27 февраля 1617 г. В деревне Столбово, между Тихвиным и Ладогой, был заключен мир, получивший название Столбовского. По свидетельству летописи, «немцы с государем помирилися и отдали город Новгород, Порхов и Ладогу». Карела, Орешек, Копорье, Ямбург и многие другие города остались под властью шведов. Ладога стала ближайшим русским городом на пути к морю. Древняя столица Руси долго не могла оправиться от иноземного владычества. Жители разбежались с этой выжженной и разграбленной земли. Все окрестные монастыри и селения также были разорены неприятелем. Валаамские старцы в 1618 г. так писали о Васильевском монастыре против Ладоги: «Стоит он пуст, игумена и братии в нем нет, лишь де живут в нем три служки». В 1621 г. старица Акилина, заботясь о восстановлении Успенского монастыря, писала в челобитной: «Они (сестры) от немецкого разорения скитались между дворами и кормились Христовым именем и их прежнюю жалованную грамоту и всякую монастырскую казну поимали и сестер побили немецкие люди в те поры, как имели Ладогу». В 1652 г. посадские люди писали в челобитной, что «в прошлых, государь, годех после немецкаго разорения и мирнаго договору, собралось нас сирот твоих посадских, тяглых людишек с разных городов на твое государево имя в твою государеву отчину в город Ладогу 49 семей». Мало того, стрельцы и пушкари, обосновавшиеся в Ладоге после Столбовского мира, отнимали у посадских людей последнюю возможность заниматься торговлей и местными промыслами. Пройдет много времени, пока мирная жизнь войдет в более или менее нормальную колею, но никогда уже не будет иметь значения форпоста Руси на северо-западе некогда грозная ладожская крепость.
